微纳与智能制造教育部工程研究中心实行“学校领导、主任负责”的管理体制。工程中心设主任1名、副主任2名，组成一个高效、精干、团结的领导班子。中心的运行与管理实行主任负责制。中心主任全面主持工程中心的工作；副主任分别负责技术研发与服务、技术成果转化、市场咨询与调研及拓展等工作。